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Une grande expertise en microbiote

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Les recherches sur le microbiote

Comme le souligne le Pr Burucoa, chef du service de bactériologie et hygiène, le terme microbiote employé depuis une quinzaine d’année, est « un mot nouveau pour désigner quelque chose que l’on connait depuis très longtemps : la flore bactérienne ». Il s’agit de l’ensemble des bactéries, champignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Et si l’on entend plus souvent parler de microbiote intestinal, nous retrouvons également ces niches écologiques dans les poumons, la peau ou encore le vagin. S’il est fait référence à la flore bactérienne dès le 17e siècle, ce n’est qu’au 20e siècle que des chercheurs se sont vraiment penchés sur le sujet notamment Théodor Escherich qui a découvert l’Escherichia. C’est également à cette époque que les bactéries, présentées jusqu’alors comme pathogènes, ont été identifiées comme pouvant être bénéfique pour l’homme. « C’est une découverte incroyable qui ouvre bien des pistes. La bactérie ne signifie pas pathologie mais au contraire la vie, plein de choses positives. C’est pourquoi vouloir tuer nos bactéries, n’est pas la bonne solution », signale le Pr Burucoa. L’apparition et la démocratisation des séquenceurs haut débit aux alentours de 2013 vont permettre une grande avancée dans la connaissance du microbiote. « C’est vraiment parce que les prix des équipements ont baissé que l’on peut travailler sur le microbiote. Son exploration avec des techniques de culture n’avait permis que de découvrir 20% des bactéries. Mais le séquençage reste cher, à plus de 100 euros l’échantillon analysé », explique le Dr Maxime Pichon, biologiste médical. Les recherches sur le microbiote ont explosé depuis 2013 et des découvertes très intéressantes ont pu se faire, précise le Pr Burucoa : « On s’aperçoit que le microbiote est fondamental pour notre santé, pour notre immunité, et bien d’autres aspects. Les déséquilibres du microbiote sont vraisemblablement responsables de certaines pathologies comme la sclérose en plaques ou la maladie de Crohn ».

Une grande expertise sur le microbiote

Conscient de l’intérêt d’un séquenceur haut débit pour les recherches sur le microbiote, le Pr Burucoa a coordonné le projet d’acquisition d’un équipement d’une valeur de plus de 400 000 euros. Installé en 2018, le séquenceur est utilisé en microbiologie mais également en génétique et cancérologie. Le CHU de Poitiers était l’un des premiers établissements hospitaliers à s’équiper de ce type de technologie. Le Pr Burucoa a, ensuite, permis le recrutement du Dr Maxime Pichon, spécialiste des microbiotes, pour mettre en place et faire fonctionner, pour la microbiologie, une plateforme de séquençage haut débit avec les équipements technologiques et informatiques nécessaires. Parmi les premiers à faire du séquençage du microbiote dans la région, le Pr Burucoa et le Dr Pichon ont acquis une grande expertise dans les recherches sur le microbiote. « C’est l’objet de nos recherches aussi bien hospitalières qu’universitaires. Notre travail consiste justement à étudier ces flores extrêmement diverses notamment grâce au séquençage haut débit. Ces méthodes nous permettent d’avoir des informations sur les bactéries qui nous composent sans avoir besoin forcément de passer par des techniques conventionnelles où l’on met les bactéries sur une gélose pour les faire pousser. Avec ces équipements on génère une quantité pharamineuse de données qu’il faut ensuite trier afin de les analyser et leur donner du sens », indique le Dr Pichon. Forts de ces expériences ils proposent leurs compétences en séquençage de microbiote aux chercheurs des autres spécialités pour mener des recherches ensemble notamment sur le microbiote intestinal avec la gastro-entérologie (Helicobacter pylori), le microbiote cutané avec les protocoles antiseptiques des urgences ; le microbiote pulmonaire et les infections sévères et/ou multirésistantes de réanimation ou le microbiote génital masculin avec le laboratoire de procréation médicalement assistée.

En quelques années, le CHU de Poitiers a acquis une grande expertise dans le séquençage du microbiote grâce aux travaux de recherches menés par le Pr Christophe Burucoa et le Dr Maxime Pichon, tous deux membres de l’équipe Inserm U1070, pharmacologie des anti-infectieux. Grace à la plateforme de séquençage haut débit du CHU, ils mettent leurs connaissances et leurs compétences au service des chercheurs d’autres domaines.Read MoreNon classifié(e)Site du CHU de Poitiers

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